La altitud de las lagunas, con un promedio de 2 500 msnm, es similar a la de las lagunas de Zempoala, en Morelos. En México, sólo las lagunas de El Sol, y la de La Luna, en el Nevado de Toluca, las superan significativamente, pues cuentan con alrededor de 4 000 m de altitud. Una ventaja de las lagunas de San Bernardino sobre todas las demás, particularmente la laguna Grande, es la abundancia de lobina, trucha y pescado blanco que producen